影片故事讲述警察局颜平（任子豪饰）和李爽（李家辛饰）在审讯团伙杀人案的嫌疑人方化龙（谢昀杉饰）和赵杰（杨继林饰）的时候，突然最后一个嫌疑人孙豪（曹忆饰）惨死在了藏匿点，案发现场只有一个纸人，嫌疑人像是被纸人所杀。警方为了找寻线索，对被害人侯晴（何雨宸饰）的母亲侯素雅（蒋林燕饰）重新展开了调查。侯素雅因失去女儿导致神志不清，在调查过程中，刚有新的线索发现的时候，侯晴的小姐妹周慧（钱婧睿饰）又惨死在了歌舞厅，甚至连在警局关押的赵杰也惨死在了牢房里，都是同样的作案手段，像是被纸人杀害。线索一下中断，为了更深层的探索背后的种种杀人动机，颜平重新将嫌疑人锁定在了侯素雅身上。更深入的调查中得知侯素雅年轻时候的爱人刘志明（张宸彬饰）被迫入赘到方小婉（散文诗饰）方家，从而逐渐引发出两家人的爱恨情仇。最终方化龙心里防线崩塌，交代了杀害侯晴的动机，认罪伏法。颜平带着所有的证据重新找到侯素雅，上演了一场母女情深，侯素雅终于放下了所有的一切，认罪伏法。饰演公安干警的演员屈菁菁，早在《流浪地球》时，就有“拍戏拼命”的美名远扬。到了《深海危机》中，她延续并升级了自己的职业人设，矫健的身手不仅获得了动作指导黄明升的肯定，还赢得了导演沈东对她的高度称赞：“开机不到十天，屈菁菁在拍摄摩托车追逐时膝盖即受伤，随后一直几乎到杀青，天天奔跑、打斗，一连数天浸泡在水箱中，伤口不断地被撕裂、被泡胀，始终处于感染化脓状态而无法愈合。”即便如此，屈菁菁凭借着超强的忍耐力和战斗力，一次次完成动作，立志将最完美的打斗场面呈现给观众。